14 juillet 1099. Alors que les croisés sont aux portes de la ville, les habitants de Jérusalem se pressent autour d'un homme mystérieux, connu sous le nom de Copte, pour entendre ses derniers enseignements. La foule, composée de chrétiens, de juifs et de musulmans qui vivaient jusqu'alors en parfaite harmonie, s'apprête à livrer bataille même si la défaite semble inévitable. Mais, loin de toute stratégie guerrière, c'est une leçon de vie qui va leur être dispensée.
En nous invitant à repenser notre humanité, Le manuscrit retrouvé pose une question brûlante d'actualité : quelles valeurs subsistent lorsque tout a été détruit ?