كرس محمد الخضر حسين الطابع التقليدي والمحافظ لتوجهاته الفكرية فيما تبناه من مفهوم خاص لتفسير القرآن على قاعدة معاني مفرداته ولغته دون القطيعة المطلقة والصريحة مع مدارس التأويل الحديثة والعقلانية التي تستند إلى تاريخية النص وظروف نزوله وتفسيره

وقد أثر مفهوم تفسير النص القرآني الذي تبناه الشيخ على مجمل أفكاره الدينية والسياسية، مما عمق طبيعتها الأصولية والمحافظة، وجعل من الخضر حسين رجل دين محافظ أكثر منه مثقفا متفاعلا مع قضايا عصره من وجهة نظر تتبنى المسائل التي شكلت العناصر الأساسية للمشروع الإصلاحي والنهضوي العربي الحديث.